Over het CBO KwaliteitsAcademie Nederland Publicaties Nieuwsbrieven Contact

Handleiding EBRO

Bijlage F. Handleiding Pubmed

PubMed is een database met beschrijvingen (referenties) van tijdschriftartikelen uit biomedische, verpleegkundige en tandheelkundige tijdschriften.
PubMed wordt gemaakt door de National Library of Medicine (NLM) en wordt aangeboden op Internet. Het is vrij toegankelijk.

De zoektaal is Engels.

De database gaat terug tot ongeveer 1950 en bevat meer dan 16 miljoen referenties.
In PubMed zitten ook heel recente beschijvingen, die nog geen MeSH Terms hebben gekregen. Ze zijn te herkennen aan de aanduiding [PubMed in process]. Na het toevoegen van MeSH Terms krijgen ze de aanduiding [PubMed - indexed for MEDLINE]

De interface

Toelichting van de belangrijkste onderdelen van A t/m D:
Deel A
1. Toegang tot de verschillende NCBI (National Centre for Biotechnology Information) bronnen, naast PubMed ook bijv. books, OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man), etc.
2. Zoekbalk: hier kunnen zoektermen worden ingetikt. Als u meer termen intikt worden deze via de intelligente zoeksoftware gecombineerd en wordt er ook automatisch met de gecontroleerde trefwoorden, de MeSH termen, gezocht.
3. Limits: het beperken van de resultaten na een zoekactie o.a. in tijd, studietype en taal.
4. Preview/Index : een index om te zien hoe vaak zoektermen in een bepaald veld gebruikt zijn b.v. het veld language of subheading. Zoekacties kunnen gestart worden vanuit deze index.
5. History: hier is een overzicht te krijgen van reeds uitgevoerde zoekacties in dat bestand. Dit is handig bij het combineren van zoekacties via setnummers. Door te klikken op het # teken met de linkermuisknop ziet u diverse mogelijkheden met setnummers. (o.a. and, or, not, delete).
6. Clipboard: lijst met verzamelde citaties uit diverse sets. Deze lijst ontstaat door na markering records via de ‘send to’ knop naar het clipboard te sturen. Zo kunt u records op een later moment printen of als file opslaan (=downloaden).
7. Details: hier is te zien hoe ingevoerde zoektermen en limit opties in PubMed verwerkt zijn voor een bepaalde zoekregel.

Deel B Entrez PubMed
Dit deel geeft informatie over de inhoud van PubMed en er zijn uitgebreide handleidingen te vinden voor een optimaal gebruik van deze database.
De TextVersion is een zeer simpel interface waarbinnen een aantal functies zoals op het Clipboard plaatsen niet mogelijk zijn.

Deel C PubMed Services
Hier zijn de belangrijkste specifieke zoekmogelijkheden te vinden namelijk:
1. Journal database: hier kan opgezocht worden of een bepaald tijdschrift in PubMed is opgenomen en welke artikelen erin verschenen zijn
2. MeSH database: deze bevat de gecontroleerde Medline trefwoorden. Via deze database kan de definitie van de term opgezocht worden en kan er met deze gecontroleerde termen een zoekactie worden gedaan.
3. Single citation matcher/batch citation matcher: invulformulier om één (of meerdere) citatie(s) in PubMed op te sporen
4. Clinical queries: filters om een speciale ziekte direct te koppelen aan interventies als therapie, etiologie, diagnose, prognose en clinical prediction rules. Hier is ook een filter voor systematische reviews te vinden.
5. Special queries: speciale subsets te kiezen voor specifieke onderwerpen bijvoorbeeld het Topic Cancer en hierin het topic ‘breast cancer’.
6. My NCBI/Cubby: een mogelijkheid om zoekvragen op te slaan om later opnieuw te gebruiken. Maak hiervoor eerst een eigen inlogoptie. Naast het opslaan van zoekvragen kunnen ook alerts gemaakt worden. De nieuwe literatuur wordt dan per e-mail gestuurd (frequentie en het gewenste formaat kunt u zelf in stellen). Ook kunt u de resultaten van de opgeslagen zoekvragen van het Clipboard hier opslaan onder ‘My collections’.

Deel D Related Resources
1. Order Documents is een bestelsysteem voor documenten in de VS.
2. NLM Catalog: de catalogus van de National Library of Medicine met o.a. boeken.
3. NLM Gateway: de portal voor de diverse NLM databases en catalogi als HSTAT (Health Services Technology Assessment Text) en Medlineplus.
4. Toxnet: een groep databases over toxicologie en gevaarlijke stoffen
5. Consumerhealth: een NLM database op het gebied van patiëntenvoorlichting
6. Clinical trials database informatie over lopende clinical trials en trials die gaan starten en de Clinical Alerts and Advisories met de nieuwste gegevens van NIH trials als deze van groot belang zijn voor vermindering van morbiditeit en mortaliteit.
7. PubMed Central: digitaal archief met vrij toegankelijke tijdschriftartikelen.

Zoeken in PubMed, de zoekbalk
Type zoektermen in de zoekbalk, en geef eventueel de velden aan waarin gezocht moet worden met de speciale veldaanduidinge.
Voorbeelden van het zoeken met veldaanduidingen:
- melanoma[ti] titel
- dutch[la] taal
- davis[au] auteur

Combineren van zoektermen en zoeksets in PubMed
De volgende operatoren kunnen gebruikt worden: AND, OR en NOT. Voor de combinatie van setnummers moet een # getypt worden. Bijvoorbeeld:
#1 AND (dutch[la] OR english[la] OR german [la]) (set 1 beperkt tot 3 publicatietalen).

Het tabblad details
In het navolgende voorbeeld is in de zoekbalk ingetikt: ‘avian influenza’. De Query Translation geeft aan dat deze zoekopdracht uitgebreid gezocht wordt in PubMed, nl als tekstwoorden en als MeSH termen (gecontroleerde trefwoorden)
Als een gedeelte van de ‘translation’ niet zinvol of zelfs storend is, kan dit gedeelte weggehaald worden.

Het resultaat inperken:
De limit functie is het gemakkelijkste. Deze is bereikbaar via het tabblad limits Zie figuur hieronder:

Het effect van de limit functie is ook te zien via Details en via de History.
Voor inperking op publicatiedatum zijn er meer mogelijkheden. De optie ‘Specify date range’ verdient de voorkeur omdat dan begin- en einddatum ingevuld kan worden.
Als u kiest voor gepubliceerd in bijv. 1 Year, werkt de inperking vanaf vandaag tot precies een jaar geleden wat vaak niet handig is.

Selecteren, bewaren en printen van de gevonden referenties
Na een zoekactie verschijnt het referentiescherm, met als standaardaanbod 20 referenties in het Summary-format (grotere aantallen kunnen ingesteld worden). Andere pagina's worden evt. opgeroepen door bij Select Page het desbetreffende paginanummer te klikken. De standaard volgorde van presentatie is de invoerdatum, andere volgordes (bijv. op auteursnaam) zijn in te stellen. U kunt referenties selecteren door het vierkantje ervoor aan te klikken. De geselecteerde referenties kunt u dan direct printen, downloaden naar uw e-mail adres sturen of op het Clipboard (prikbord) plaatsen. Om ze op het clipboard te krijgen dient u nog op de knop ‘Add to Clipboard’ te klikken. Om een ander formaat te kiezen moet u de opties onder Summary openklikken en het andere formaat kiezen. Het meest gebruikte formaat is Medline. (Dit formaat is bijv. ook geschikt om de referenties in te lezen in een persoonlijke database als Reference Manager omdat alle velden zo te zien zijn en op de juiste manier in de database komen).
Na aanpassing van het formaat kunt u printen of downloaden. De optie ‘send to text’ is het gemakkelijkste omdat dan alle informatie van de referenties te zien is in het gekozen formaat en alle storende details van het PubMed interface verdwijnen.

Bewaren van de history
Er zijn een paar mogelijkheden om deze op te slaan:
1. via My NCBI achter een persoonlijke inlogcode (werkt per zoekregel);
2. via Crtl Printscreen een schermafdruk maken en deze plakken in een Word document;
3. naar het history tabblad gaan en via de knop Bestand (van de internet explorer) kiezen voor opslaan als txt file.

Uitgebreide informatie over zoeken met PubMed kunt u vinden in het boek:
Praktische handleiding PubMed Bohn Stafleu van Loghum ISBN 978 90 313 5179 4 (tweede druk 2008).

© Kwaliteitsinstituut voor de Gezondheidszorg CBO
Handleiding voor werkgroepleden, november 2007